Si utilizas ntfs, la comprobación de disco salta raramente, pero se
puede programar para que siempre se ejecute haciendo una modificación en
el registro, para ell  navega hasta.

HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager

En el panel de la derecha busca el valor, BootExecute, y modificalo a:

autocheck autochk /f *

Por defecto su valor es:

autocheck autochk *

Con esto conseguiremos que en cada inicio del sistema se comprueben automaticamente los discos. En sistemas FAT/FAT32 la comprobación de disco salta sola siempre y cuando apaguemos el sistema incorrectamente.