La rama responsable de introducir la cabecera "http" en el registro es:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\URL\DefaultPrefix

A la derecha deberiamos ver un valor llamado "predeterminado" que al editarlo, debería tener como valor ""http://", si nos modifican o modificamos este valor, la cabecera "httpd://" no es introducida automaticamente al introducir una URL en el IE

La carpeta del historial puede estar vacia por muchos motivos, pero uno de ellos, es la modificación de una clave del registro, la rama responsable es:

HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\InternetSettings\Url History

en ella debería aparecerte el directorio o carpeta donde el IE guarda tu historial, revisa que el directorio no está en blanco, por defecto viene este: c:\windows\historial. Aunque, variando esta clave, puedes poner el directorio que quieras.